الأهداف الإستراتيجية للهيئة العامة للشؤون الإسلامية والأوقاف هي:
1. الإسهام في تنمية الوعي بالثقافة الإسلامية وحماية المجتمع من التأثر بالأفكار الهدامة.
2. تفعيل دور المسجد في تنمية وتوجيه الوعي الديني للمجتمع.
3. تعزيز الوعي بمفهوم الوقف لتحقيق المقاصد الشرعية منه وتنمية وتنويع موارده.
4. التحسين المستمر لخدمات الحج والعمرة.
5. تطوير البنية التنظيمية للهيئة بما يضمن انسيابية وكفاءة الأداء.
6. تعزيز قدرات موظفي الهيئة ودعم التأهيل والتوطين.
7. تعزيز مفاهيم الجودة وتطبيقاتها وترسيخ ممارسات التميز في أداء الهيئة.
8. زيادة كفاءة استغلال وتنمية الموارد وترشيد الإنفاق والالتزام بالموازنة.
9. تفعيل العمل مع الشركاء الاستراتيجيين وتعزيز التعاون مع الجهات الدولية ذات العلاقة.